Намира се на североизточния склон на възвишението Джанавара, недалеч от южния бряг на Варненското езеро. 
Изключително необикновената за ранното християнство архитектура и редкият характер на мозайките правят църквата единствена и уникална не само на Балканите, но и в историята на християнството.
Сградата има уникален за българските земи план. Тя е еднокорабна, с вътрешна апсида, едноделен нартекс и е имала атриум с колонада. Размерите на обекта са с дължина 31м, ширина 28м и дебелина на стените на наоса 2,5 м. Църквата е построена от редуващи се пояси от дялани каменни блокове.
Долните части от стените на църквата са били покрити с мраморни настилки, а над тях е имало стенописи, от които е открита малка част. Централният кораб на църквата, олтарът и кръщелнята са били покрити с големи мраморни плочи. Подовите настилки на останалите помещения са били покрити с многоцветни мозайки от геометрични и флорални мотиви. Източните помещения са играели ролята на пастофории. Те са били двуетажни и вторите им етажи са играели ролята и на отбранителни кули.
Първите откриватели на Раннохристиянската църква в местността Джанавара са братята Карел и Хермин Шкорпил. При разкопките им е разкопана зидана тухлена гробница, в която е бил погребан много възрастен мъж. Пред олтара е открит уникален комплект от мощехранителници. Те са три: мраморна, сребърна и златна, украсена със скъпоценни камъни и гранати. Намерени са поставени една в друга .
През 1997 г. археолози анализират допълнително два разкрити зида и правят сензационно откритие на обекта – разкопките разкриват битови помещения, доказващи, че църквата е била част от манастирски комплекс. Последните археологически изследвания на църквата в местността „Джанавара” показват, че е с историческа стойност от световно значение.